Меню сайта

Последние новости

Причина отравления вод океана.

Американские ученые из штата Мичиган полагают, что в качестве главной причины отравления вод Мирового океана ртутью являются бактерии.

Секрет выживания лягушек.

Американским ученым удалось выяснить, как лягушкам удается продолжать жить даже после глубокой заморозки.

Секрет долголетия ночницы.

Биологи уже давно считают, что продолжительность жизни животного определяется очень просто: чем оно больше, тем дольше живет.




Идентификация генов, участвующих в гомеостазе железа
Материалы по биологии и химии / Исследование системы гомеостаза железа и развития окислительного стресса методами математического моделирования / Идентификация генов, участвующих в гомеостазе железа
Страница 2

Ensembl (http://www.ensembl.org/) [54], гены со значением гипергеометрического скора более 3.0 считались значимо дифференциально экспрессирующимися. Анализ представленности Gene Ontology (http://www.geneontology.org/) [55] категорий в списке отобранных генов осуществлялся с помощью гипергеометрического теста. Категории с p-value меньше чем 0.01 считались значимо перепредставленными. Десять наиболее представленных категорий приведены в таблице 2

.

В список выявленных дифференциально экспрессирующихся генов входят ранее известные участники гомеостаза железа, такие как, TfR1, Dmt1, цитохром b редуктаза, ферропортин, Hfe, Cp, Hp, Slc11a2, Steap3, Slc25a37 (категории "iron ion transport", "response to iron ion" и " cellular iron ion homeostasis").

А также группы генов ранее не замеченных в регуляции гомеостаза железа, из которых следует отметить группу генов, участвующих в гомеостазе ионов меди, представленные в таблице 3

и участники липидного гомеостаза таблица 4

.

Таблица 2.

Список категорий Gene Ontology, наиболее представленных среди генов с измененной экспрессией.

Gene Ontology категория

p-value

cholesterol metabolic process

4,54E-09

angiogenesis

2,73E-05

lipid binding

2,95E-05

electron carrier activity

3,60E-05

lipid transport

6,20E-05

phospholipid metabolic process

1,30E-03

cellular copper ion homeostasis

1,80E-03

cellular iron ion homeostasis

2,40E-03

responce to iron ion

2,70E-03

iron ion transport

3,30E-03

Таблица 3.

Гены, регулирующие гомеостаз меди, экспрессия которых значимо коррелирует с уровнем железа в ткани.

Ген

Название

Mt1

metallothionein 1

Mt2

metallothionein 2

Atp7a

ATPase, Cu++ transporting, alpha polypeptide

App

amyloid beta (A4) precursor protein

Prnp

prion protein

Таблица 4.

Гены, регулирующие гомеостаз липидов, экспрессия которых значимо коррелирует с уровнем железа ткани

Ген

Название

Apol7a

apolipoprotein L 7a

Apoa5

apolipoprotein A-V

Apoc3

apolipoprotein C-III

Apoa1

apolipoprotein A-I

Fabp4

fatty acid binding protein 4

Plcg1

phospholipase C, gamma 1

Acsl1

acyl-CoA synthetase long-chain family member 1

Srd5a1

steroid 5 alpha-reductase 1

Ppara

peroxisome proliferator-activated receptor alpha

Cyp39a1

cytochrome P450, family 39, subfamily A, polypeptide 1

Slc27a2

solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 2

Pnpla8

patatin-like phospholipase domain containing 8

Pemt

phosphatidylethanolamine N-methyltransferase

ALOX15

arachidonate 15-lipoxygenase

GPAM

glycerol-3-phosphate acyltransferase, mitochondrial

Страницы: 1 2 3

Смотрите также

Рыжий лесной муравей – настоящий защитник леса
Введение   Вряд ли найдется человек, который хотя бы раз не останавливался возле муравейника, завороженный таким далеким и в то же время необъяснимо близким нам миром насекомых. В ...

Молекулярно-генетические методы для выявления генов устойчивости пшеницы
Введение В Северо-Кавказском регионе ведущее место в севооборотах хлебных злаков занимает озимая пшеница (3500-4500 тыс. га), что обеспечивает до 20% валового сбора зерна в России. Э ...

Иерархическая организация
Введение Проблема иерархии биосистем или, как часто пишут, уровней организации живого затрагивалась многими исследователями самых разных специальностей. И это естественно, так как ни ...