Секрет долголетия ночницы.

Биологи уже давно считают, что продолжительность жизни животного определяется очень просто: чем оно больше, тем дольше живет.

Идентификация генов, участвующих в гомеостазе железа

Материалы по биологии и химии / Исследование системы гомеостаза железа и развития окислительного стресса методами математического моделирования / Идентификация генов, участвующих в гомеостазе железа

Страница 1

С целью расширения модели гомеостаза железа был произведен поиск генов-кандидатов, участвующих в процессах гомеостаза железа на основе доступных микрочиповых экспериментов. Для этого из базы данных GEO (Gene Expression Omnibus, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) были отобраны 12 экспериментов, в ходе которых были проведены измерения экспрессии генов при различных патологических состояниях, связанных с гомеостазом железа, по сравнению с нормой либо при диетах, содержащих различное количество железа. Краткое описание экспериментов приведено в таблице 1

.

Анализ микрочиповых данных был проведен с использованием языка программирования R [38]. Коррекция фона каждого чипа в отдельности осуществлялась методом normexp [39, 40]. Затем чипы платформы Affymetrix и одноканальные чипы платформы Agilent были нормализованы методом quantile [41] в логарифмической шкале. “Двухцветные” чипы были нормализованы методом loess [42]. Для идентификации дифференциально экспрессирующихся генов сначала был применен t-test для каждой пробы (набора проб) предложенным в [43] на основе аннотации проб в базе данных

Таблица 1.

Краткое описание микрочиповых экспериментов, использованных для поиска генов, участвующих в гомеостазе железа.