Меню сайта

Последние новости

Причина отравления вод океана.

Американские ученые из штата Мичиган полагают, что в качестве главной причины отравления вод Мирового океана ртутью являются бактерии.

Секрет выживания лягушек.

Американским ученым удалось выяснить, как лягушкам удается продолжать жить даже после глубокой заморозки.

Секрет долголетия ночницы.

Биологи уже давно считают, что продолжительность жизни животного определяется очень просто: чем оно больше, тем дольше живет.




Идентификация генов, участвующих в гомеостазе железа
Материалы по биологии и химии / Исследование системы гомеостаза железа и развития окислительного стресса методами математического моделирования / Идентификация генов, участвующих в гомеостазе железа
Страница 1

С целью расширения модели гомеостаза железа был произведен поиск генов-кандидатов, участвующих в процессах гомеостаза железа на основе доступных микрочиповых экспериментов. Для этого из базы данных GEO (Gene Expression Omnibus, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) были отобраны 12 экспериментов, в ходе которых были проведены измерения экспрессии генов при различных патологических состояниях, связанных с гомеостазом железа, по сравнению с нормой либо при диетах, содержащих различное количество железа. Краткое описание экспериментов приведено в таблице 1

.

Анализ микрочиповых данных был проведен с использованием языка программирования R [38]. Коррекция фона каждого чипа в отдельности осуществлялась методом normexp [39, 40]. Затем чипы платформы Affymetrix и одноканальные чипы платформы Agilent были нормализованы методом quantile [41] в логарифмической шкале. “Двухцветные” чипы были нормализованы методом loess [42]. Для идентификации дифференциально экспрессирующихся генов сначала был применен t-test для каждой пробы (набора проб) предложенным в [43] на основе аннотации проб в базе данных

Таблица 1.

Краткое описание микрочиповых экспериментов, использованных для поиска генов, участвующих в гомеостазе железа.

Идентифика-тор в базе данных GEO

Платформа микрочипа

Экспериментальные состояния

Ткань/клетки

Ссылка

Количество микрочипов

GSE10421

Agilent one-channel

диета сбалансированная, насышенная или дефицитная по железу

клетки печени

[44]

30

GSE9726

Illumina BeadChip

диета сбалансированная или насышенная по железу

мышечные клетки сердца и скелетные

[45]

12

GSE3573

Agilent two-channel

диета сбалансированная, насышенная или дефицитная по железу

caco-2 клетки

[46]

12

GSE2269

Affymetrix

диета сбалансированная или насышенная по железу

клетки тощей кишки

[47]

12

GSE1892

Affymetrix

диета сбалансированная или дефицитная по железу

клетки двенадцатиперстной кишки

[47, 48]

60

GSE7267

Affymetrix

+/b and b/b

клетки тощей и двенадцатиперстной кишки

[49]

12

GSE10591

Affymetrix

клетки дикого типа и мутантные по гену Tmprss6

HepG2 клетки

[50]

9

GSE11632

Affymetrix

клетки дикого типа и мутантные по гену Tmprss6

клетки печени

[51]

2

GSE7396

Affymetrix

клетки дикого типа и мутантные по гену Tfrc

эмбриональные клетки

нет статьи

4

GSE7357

Affymetrix

дикий тип и мутаны по гену HFE

клетки печени и двенадцатиперстной кишки

[52]

24

GSE4523

Affymetrix

дикий тип и мутаны по гену меланотрансферрина

клетки мозга

[53]

6

GSE11777

Affymetrix

дикий тип и мутаны по генам stat5a,b

клетки печени

нет статьи

6

Страницы: 1 2 3

Смотрите также

Современные биотехнологии
Введение Возможности, открываемые биотехнологией перед человечеством, как в области фундаментальной науки, так и во многих других областях, весьма велики и нередко даже революционны. ...

Витамин Н
...

Методы исследования физиологии человека
1. Физиология как объект исследования в системе образования ...