Меню сайта

Последние новости

Причина отравления вод океана.

Американские ученые из штата Мичиган полагают, что в качестве главной причины отравления вод Мирового океана ртутью являются бактерии.

Секрет выживания лягушек.

Американским ученым удалось выяснить, как лягушкам удается продолжать жить даже после глубокой заморозки.

Секрет долголетия ночницы.

Биологи уже давно считают, что продолжительность жизни животного определяется очень просто: чем оно больше, тем дольше живет.




Модификации остатка сахара
Материалы по биологии и химии / Подавление экспрессии гена EGFP в клетках с использованием конъюгатов олигонуклеотида с пиреном / Модификации остатка сахара
Страница 1

Модификации фосфодиэфирных связей не оказывают значительного эффекта на стабильность гетеродуплекса ДНК - РНК. Поэтому, кроме модифицированных олигодезоксинуклеотидов, представляют интерес так называемые модифицированные антисмысловые олигонуклеотиды второго поколения - это замещённые по 2’-гидроксильной группе остатка рибозы олигорибонуклеотиды. Такая модификации также повышает устойчивость к действию нуклеаз. Хотя РНК значительно менее устойчивы к воздействию окружающей среды по сравнению с ДНК за счёт наличия 2’-OH-группы, именно модификации по этой группе позволяют получить стабильные продукты, проявляющие меньшую токсичность по сравнению с фосфонатами. Также к модифицированным антисмысловым олигонуклеотидам второго поколения часто относят и олигонуклеотиды с модифицированным остовом не сахарофосфатной природы, например, пептидные нуклеиновые кислоты, также проявляющие нуклеазоустойчивость и образование термодинамически стабильных гибридов с молекулами мРНК-мишени.

Рис.4. Модификации второго поколения: V - 2’-O-алкил-РНК, VI - LNA, VII - Morpholino, VIII - PNA.

Анализ данных по использованию ряда 2’-O-алкильных производных РНК, содержащих от одного до пяти метиленовых звеньев в алкильном радикале, показал, что с увеличением количества метиленовых звеньев возрастает устойчивость модифицированного олигонуклеотида к действию нуклеаз (пентокси > пропокси > метокси > дезокси). Эта зависимость может объясняться стерической недоступностью нуклеотида при присоединении более объемного заместителя. Однако, стерические затруднения, вызванные наличием объёмных заместителей, снижают эффективность образования комплементарных комплексов с мРНК-мишенью, поэтому наибольшего сродства к мишени достигли при использовании малых заместителей [5-7]. При сравнении физико-химических параметров 2’-O-метилированных фосфоротиоатов (Me-S-ODN), S-DNA и немодифицированной ДНК выяснилось, что температура плавления (Tm) гетеродуплексов ДНК - РНК возрастает в следующем порядке: Me-S-ODN - RNA > normal DNA - RNA > S-ODN - RNA [6]. Недостаток данной модификации состоит в том, что РНКаза H не может расщепить мРНК-мишень в РНК - РНК-комплексе. Как следствие этого недостатка, такие олигонуклеотиды являются менее мощными ингибиторами экспрессии генов по сравнению с немодифицированными [3,5,12-15].

’-катионные модификации приводят к образованию цвиттер-ионных олигонуклеотидов. Такие олигонуклеотиды, кроме образования более стабильных гетеродуплексов, по сравнению с немодифицированными, обладают большей способностью проникать через биологические мембраны и высокую стабильность к действию нуклеаз вследствие своего заряда. 2′-O-[2-[2-(N,N-диметиламино)этокси]этил]олигонуклеотиды (2’-O-DMAEOE, см. рис 5), благодаря эффекту заряда, образуют гетеродуплексы с РНК-мишенью с температурой плавления на 2 ºС больше по сравнению с немодифицированными олигонуклеотидами [16]. Цвиттер-ионные олигонуклеотиды сохраняют РНКаза H-компетентность, если модификации разбросаны по всей длине олигонуклеотида.

Рис. 5. 2’-O-DMAEOE

Конформационно ограниченные «блокированные» нуклеиновые кислоты (Locked Nucleic Acids, LNA) - модифицированные нуклеиновые кислоты, имеющие как минимум один мономер с бициклической фуранозой в качестве сахарного остатка (см. рис. 4, VI). Они обладают большим сродством к комплементарной последовательности (температура плавления дуплекса возрастает на 6 °С при модификации одного нуклеотида [17]), что является и достоинством (эффективное связывание мишени), и недостатком (образование шпилек). Такое сродство необходимо учитывать при конструировании LNA [18]. Исследования на мышах показали малотоксичность LNA [19].

Пептидные нуклеиновые кислоты (PNA) - аналоги нуклеиновых кислот, в которых сахарофосфатный остов заменён на псевдопептидный N-(2-аминоэтил)-глициновый полимер. N-конец иминирует 3’-конец олигонуклеотида, а C-конец - его 5’-конец (см. рис. 3, VII). Комплексы PNA - РНК более стабильны, чем комплексы ДНК - ДНК и РНК - РНК. Несмотря на то, что PNA могут связывать мишень как в антипараллельной (по Уотсону - Крику), так и в параллельной (по Хугстину) ориентации, более стабильные комплексы образуются при антипараллельной ориентации PNA. Исследования показали малую токсичность PNA [20].

Страницы: 1 2

Смотрите также

Летучие мыши
...

Рыжий лесной муравей – настоящий защитник леса
Введение   Вряд ли найдется человек, который хотя бы раз не останавливался возле муравейника, завороженный таким далеким и в то же время необъяснимо близким нам миром насекомых. В ...

Распространение, численность и видовой состав бесхвостых земноводных в Республике Беларусь
ВВЕДЕНИЕ Оценка современного состояния изучаемой проблемы Поскольку единицами биосферы являются биогеоценозы, обладающие способностью трансформировать вещество и энергию в соответ ...